João Ramalho passou a ter uma conturbada relação com os padres. Eles o viam como um homem bruto, que tinha várias mulheres, andava nu pela cidade e não respeitava os mandamentos cristãos. Mesmo assim os jesuítas precisaram do seu apoio para doutrinar os índios. Séculos depois, os vereadores de São Paulo tentaram esclarecer a opção religiosa de João Ramalho.
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