A denominação de Freguesia foi dada ao distrito a partir de um decreto da Rainha de Portugal, Dona Maria I, em 15 de setembro de 1796.
No regime do padroado, ao dividir a Freguesia da Sé em três partes, ficou assim constituída a Vila de São Paulo: Freguesia da Sé, Freguesia da Penha e Freguesia de Nossa Senhora do Ó.
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